U Odseku za upravljanje projektima obavljaju se poslovi koji se odnose na: planiranje, pripremu, sprovođenje i praćenje sprovođenja projekata koji se finansiraju iz fondova Evropske unije iz delokruga Ministarstva i njihovu reviziju; pripremu izveštaja o poslovima pripreme, sprovođenja i praćenja sprovođenja projekata finansiranih iz fondova Evropske unije; pripremu strateških dokumenata iz delokruga Ministarstva i njihova revizija; koordinaciju aktivnosti neophodnih za obezbeđivanje potrebnog kofinansiranja projekata; proveru ispunjenosti preduslova za sprovođenje projekata i ugovora; sprovođenje pravila i principa neophodnih za uspostavljanje, funkcionisanje i održivost sistema decentralizovanog upravljanja sredstvima Evropske unije u skladu sa procedurama, kao i drugi poslovi iz delokruga Odseka.