У Одсеку за управљање пројектима обављају се послови који се односе на: планирање, припрему, спровођење и праћење спровођења пројеката који се финансирају из фондова Европске уније из делокруга Министарства и њихову ревизију; припрему извештаја о пословима припреме, спровођења и праћења спровођења пројеката финансираних из фондова Европске уније; припрему стратешких докумената из делокруга Министарства и њихова ревизија; координацију активности неопходних за обезбеђивање потребног кофинансирања пројеката; проверу испуњености предуслова за спровођење пројеката и уговора; спровођење правила и принципа неопходних за успостављање, функционисање и одрживост система децентрализованог управљања средствима Европске уније у складу са процедурама, као и други послови из делокруга Одсека.